O Portugal 2020 será operacionalizado através de 16 Programas Operacionais a que acrescem os Programas de Cooperação Territorial nos quais Portugal participará a par com outros Estados membros:
 
4 Programas Operacionais Temáticos no Continente

COMPETITIVIDADE E INTERNACIONALIZAÇÃO  

     INCLUSÃO SOCIAL E EMPREGO

      CAPITAL HUMANO  

              SUSTENTABILIDADE E EFICIÊNCIA NO USO DOS RECURSOS   
 

5 Programas Operacionais Regionais no Continente  

2 Programas Regionais nas Regiões Autónomas 

     

1 Programa de Desenvolvimento Rural no Continente

 

Programas Operacionais de Cooperação Territorial Europeia

• ESPANHA-PORTUGAL  
  
• MADEIRA-AÇORES-CANÁRIAS  
  
• ESPAÇO ATLÂNTICO  
  
• MEDITERRÂNEO  
  

                                                                                           Fonte (site www.portugal2020.pt)